Etwa sieben Kilometer des Ortes Phytagorion entfernt, befindet sich das Heraion. Es gehörte zu den wichtigsten Hera-Heiligtümern der griechischen Antike. Nahe des Flusses Imvrassos, war das Heraion schon sehr früh ein Platz der Verehrung der Göttermutter.
Aus dem 2. Jahrtausend v. Chr. stammen die ersten Überreste. An besagter Stelle wurde ein steinerner Altar für die Opferung von Tieren errichtet. Ab dem 8. Jahrhundert v. Chr. sind hier erste Tempel für Hera entstanden. Zu den wenigen deutlichen Überresten des um 538 v. Chr. erbauten Hera-Tempels von Polykrates, gehört die noch heute sichtbare zehn Meter hohe Säule. Der Tempel sollte seinerzeit der größte Tempel der Antike werden, das Bauwerk hatte eine Abmessung von 55 mal 110 . und 155 Säulen von je 20 . Höhe. Zu dem Tempel führte von Phytagiron aus, welches damals noch die alte Samos-Stadt war, eine etwa . km lange Prachtstraße. Diese wurde von Statuen und Denkmälern gesäumt. Aufgrund des Todes von Polykrates wurde der Sakralbau allerdings nie vollendet und verfiel zusehends. In späterer Zeit kamen unter den Römern weitere Gebäude hinzu. Heute vermischen sich diese Ruinen mit denen des Tempels. Heraion gehört zu den wichtigsten Sehenswürdigkeiten von Samos und sollte bei keinem Besuch fehlen. Im Laufe der Ausgrabungen kamen Fundstücke zu Tage, welche im archäologischen Museum in Samos-Stadt zu besichtigen sind.