Der Prespasee bildet das Zentrum des Prespa- Nationalparks. Dieser wurde von den drei Anrainerstaaten gemeinsam gegründet und hat eine Fläche von rund 2.000 qkm und zählt damit zu den größten Naturschutzgebieten Europas. Die unberührte Landschaft hier ist Heimat vieler gefährdeter Vögel, wie Pelikane oder Zwergschaben.
Der Prespasee selber ist sehr fischreich und bietet Lebensraum für zahlreiche seltene Tier- und Pflanzenarten. Der Prespasee ist ein besonders schützenwertes Feuchtgebiet. Aufgrund der geringen Niederschläge und vermehrter Wasserentnahme für die Landwirtschaft ist der Wasserspiegel des Sees in den letzten Jahren stark gesunken.
Da Mazedonien keinen direkten Zugang zum Meer besitzt, ist der Prespasee, genau wie der Ohridsee, für den Tourismus sehr bedeutend. Beide Seen wurden von der UNESCO zum Weltkulturerbe ernannt. Für die meisten Touristen, welche nach Mazedonien reisen, ist das Gebiet rund um den Prespasee und um den Ohridsee das touristisch interessanteste, da es hier auch Wassersport gibt und die Natur einzigartig schön ist.
Hier ist auch die Infrastruktur Mazedoniens am weitesten ausgebaut, um den Tourismus im noch relativ unentdeckten Mazedonien anzukurbeln.