Die Stadt befindet sich auf einem kleinen Hügel. Die Lage war damals sehr verkehrsgünstig und die Landschaft hervorragend für die Landwirtschaft geeignet. Daher entwickelte sich Herakleia schnell zum Zentralort der Lynkestis. Im römischen Bürgerkrieg legte Julius Cäsar in Herakleia eine Nachschubbasis für seine auf dem Balkan operierenden Truppen an. Nach diesem Krieg siedelten sich römische Veteranen an. Ende des 6. Jahrhunderts wurde Herakleia von den Slawen eingenommen. Es wurde zerstört und nicht wieder neu aufgebaut.
Ausgrabungen in den dreißiger Jahren legten Teile der befestigten Akropolis, des Theaters, der Bäder, zwei Basiliken mit spätantiken Mosaiken sowie einige Privathäuser frei. Die Basilika und das dazugehörige Baptisterium wurden teilweise restauriert. Ebenso auch die Überreste von Wohnhäusern aus hellenistischer Zeit.
Das Museum in Bitola stellt außerdem zahlreiche Funde aus Herakleia aus. Die Ruinen der Stadt können heute besichtigt werden und ziehen zahlreiche Touristen in ihren Bann.