Die Häfen, die sich in der Hauptstadt Funchal und an der Nordküste Madeira. in den Orten Porto Moniz und Seixal befinden, sind Szenarien mit einer großen landschaftlichen Schönheit. Ca. 15 Minuten Fußweg von der Stadtmitte entfernt liegt der Hafen von Funchal. Er liegt an einer malerischen Bucht, umgeben vom Grün der Berge, welche sich ringsum befinden.
In den Häfen liegen viele Kreuzfahrtschiffe, da zwischen Madeira, den Kanaren und Nordafrika viele Kreuzfahrten angeboten werden. Der Andrang zu den Schiffen ist hier sehr groß. Der Hafen von Porto Moniz liegt an der Nordküste Madeiras. Die Anlagestelle von Porto Moniz mit einer Mole von 120 Metern Länge, verfügt über einen Hubschrauberlandeplatz, der sowohl der touristischen Nutzung, als auch in dringenden Notsituationen seine Verwendung findet. Das kleine Örtchen Seixal liegt im Norden. Es besitzt eine kleine Anlegestelle für Fischerboote und kleine Schiffe.
Der Hafen von Machico besitzt eine kleine Anlegestelle, welche kleinen und mittleren Schiffen Zuflucht gewährt. Hier befindet sich aber auch eine Promenade, an der für Unterhaltung gesorgt wird. An der Ostküste Madeiras befindet sich der Handelshafen von Canical. Der Hafen verfügt über Containerkais und über eine Landungsbrücke von 400 Metern. Hier können drei Containerschiffe gleichzeitig anlegen.